変形労働時間制の時間外労働・休日等との関係

変形労働時間制で時間外労働になる場合

時間外労働をさせるには、労働基準法36条による労使協定を結び労働基準監督署に届出なくてはなりません。しかし、労使協定の締結・届出は時間外労働の禁止（労働基準法32条）の一部解除に他ならず（公法上の問題)、罰則が与えられないというだけです。

したがって、個々の労働者に時間外労働を命じるには、労使協定の内容を労働契約や就業規則、あるいは労働協約に定めていなければなりません（私法上の契約）。

1ヶ月単位や1年単位の変形労働時間制を採用している場合に時間外労働となるのは、以下の場合で、これらは労働基準法37条の規定に基づく時間外労働の割増賃金の支払いを要する時間となります。

したがって清算期間の取り決めにより時間外の計算パターンは複雑になりますが、事例を簡単に計算式で示すと、以下のようになります。

このようなことから、1年単位の変形労働時間制では、場合によって1年ごとにボーナスのように時間外手当が支給されることもありえます。

なお、フレックスタイム制の場合は、清算期間における総労働時間を超え、かつ法定労働時間である週40時間を超えた場合に時間外労働となります。

変形労働時間制を取っていても、休日に労働をしなければならない可能性はあります。

ケース1：

休日労働をした時間と同じ時間数の就労日と、休日振替（代休取得）をする。

この場合は、特段問題は生じません。

ただし、当然ながら、代休取得の場合は、休日出勤の時間外割増（35％）は、別途、支給する必要があります（以下のケースも同様です）。

ケース2：

休日労働をした時間より就業時間が短い日と、休日振替（代休取得）をする。

例えば、休日に8時間労働をしたことにより、6時間の就業日を振替休日にする場合などです。

この場合は、休日の2時間分については、時間外手当を支給しなければならなくなります。

ケース3：

休日労働をした時間より就業時間が長い日と、休日振替（代休取得）をする。

例えば、休日に8時間労働をしたことにより、10時間の就業日を振替休日にする場合などです。

この場合、差の2時間分について給料を支給するかどうかは、労使の取り決めによります。